JDOM verstehe ich als Versuch, im Bereich von Java eine Alternative zum W3C-DOM anzubieten, da letzteres nicht die Stärken von Java ausnutzt. So du nicht Code hast, der schon W3C Document benutzt, solltest du sicher mit JDOM auch keines benutzen, sondern per SAX oder Stax laden, denn wenn du erst ein (W3C) DOM Document erzeugst und dann ein JDOM Document, hast du das gesamte XML-Dokument zweimal als Baumstruktur im Speicher.